基質在無土栽培中占據著非常重要的地位，所以如何正確的選擇基質就是一個很重要的問題，需要基質不光具備土壤的營養條件，還要適宜作物生長，并且還得提高管理效率。
無土栽培的基質需要根據多方條件綜合考量，精心選擇，通常我們會從三個方面去考慮：
1.植物根系適應性。無土栽培選用的基質都有一個共同的優點，就是可以為植物創造出優良的適宜植物生長的環境條件，也就是我們通常說的水汽比。
有的植物根系既需要良好的通風，還需要有充足的水分供給，所以就需要根據不同植物的習性，以及當地的氣候狀況進行基質的選擇，空氣濕度較大的地區，可以選擇椰糠、鋸末、松針等作為基質，北方氣候較為干燥，基質透氣性太好容易造成根部風干。如北方地區水質為堿性的地區，就需要基質有一定的對氫離子濃度的調節能力，這時應選擇泥潭為主的混合基質
2.基質適合種植否，很簡單就是說選用的基質材料是否適合用來栽培作物。
通常化學穩定性強，酸堿度中性左右，不含有毒害物質，大小適中的就算是合適無土栽培的基質。
如若基質顯現的某些性能不適合或者妨礙無土栽培作物生長時，則需要選擇一個既經濟有有效的方法來改變基質的某些性質。舉一個簡單的例子，很多地區可以使用秸稈以及作物殘渣用作基質，但是直接使用會使土壤中氮的轉換出現問題，所以就需要通過腐熟的方法來讓其成為優良的基質。
而基質的使用并不是一成不變的，栽培設施，栽培用途的不同，都需要選用不同的基質。
3.經濟適用，除了考慮基質的屬性外還需要考慮基質的性價比。有的基質可能比較適合作物栽培，但是價格太高，或者比較難獲得，所以就變得不太合適。目前已經證比較適合種植的基質有巖棉、椰糠、泥炭，不過一些還需要進口，成本也較高。
基質的選擇既需要能夠滿足植物的要求，價格還得便宜，無毒無害，人工成本不能過高，可以重復利用的多種因素。
無土栽培最常使用的基質有很多，巖棉、蛭石、珍珠巖、沙、礫石、草炭、稻殼、椰糠、鋸末、菌渣等。并且為了讓基質更適合植物的生長，通常都會選擇兩三種基質混合使用。當然基質是否合適你園區的環境，還需要有針對性的就行實驗，經過試驗才能判斷以及確定。
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