無土栽培蔬菜病害主要分生理病害和傳染性病害兩大類。生理病害，采用水耕法栽培蔬菜經一段時間后，在營養液里積累了許多不需要的離子或毒素，同時也會出現缺素癥致植株染病，生產中只要經常更換新鮮的營養液，即可防治。傳染性病害中，葉部病害基本與露地栽培相同，但根部病害成為無土栽培蔬菜的突出問題，尤其是腐霉菌引起的根腐病很難防治，有些無土栽培農場因此而廢耕。
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一、無土栽培病害的特點
無土栽培中病害與露地或普通設施栽培所發生的病害稍有不同。無土栽培中病害發生的特點：
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一是由種子或種苗傳播病害。
經種子傳播的病害有真菌病害、細菌性病害、病毒病害三類。在真菌病害中有許多蔬菜種子在成熟過程中被真菌侵入而染病，成為由種子傳播的病害；還有一些是在種子采收過程中，由于種子或種皮受到污染，就會把病菌傳入營養液里通過營養液的循環造成二次污染，如黃瓜、甜瓜的蔓枯病、炭疽病，番茄枯萎病等。細菌性病害中番茄的潰瘍病、瓜類的細菌角斑病均可由種子進入營養液中，污染栽培床引起發病。
在病毒病害中，許多病毒可由種子傳播，如瓜類綠斑花葉病毒、甜瓜壞疽斑點病毒、番茄嵌紋病毒等，都可經過種子進入設施內。
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二是由空氣或設施內地表污染傳播病害。
許多真菌或細菌病害常借氣流及土表的污染進入營養液而傳病，如甜瓜、黃瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子隨氣流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借設施的污染或塵土飄浮至植株表面而致病。此外，黃瓜綠斑嵌紋病毒也可經污染的土壤而傳病。
三是借水污染傳播病害。
無土栽培中營養液的水源為地下水，病菌容易在水源輸送過程中進入營養液，如番茄青枯病及白菜類、甘藍類蔬菜軟腐病。
四是工具傳播病害。
如茄果類、瓜類的病毒病、細菌性病害，常通過整枝、打杈、綁蔓、采收過程中工具或手傳播。此外，能進入設施內的薊馬、粉虱、蚜蟲也可傳播各類病毒病。
五是使用污染的營養液或營養池也能傳病。
如前作發生細菌軟腐病后，病菌會殘留下來，定植新的菜苗后，病菌即可危害新苗。
二、無土栽培主要病害的防治
防治無土栽培時發生的病害，應貫徹排除病害、避開病害及利用病害三原則。
一是種子消毒。
種子可利用干熱滅菌，如70-72℃處理3天或用53-55℃溫湯浸種20-30分鐘或用次氯酸10-100 倍液浸種60分鐘，皆可清除種子上的病原菌。
二是營養液槽和工具消毒。
用75%酒精或高錳酸鉀50-100倍液消毒營養液槽及工具，防止病原菌存活留下隱患。
三是棚室和設備的消毒。
種植前，溫室、大棚內外要清除所有的植物殘體，地面鋪上潔凈的塑料薄膜隔離土壤。空間消毒可在大棚內均勻放置3-4 只大口瓶，倒入高錳酸鉀和甲醛，每立方米空間用高錳酸鉀4克、甲醛4克，大棚密閉24小時后通風，待藥劑揮發干凈后再種植。栽培設施和器具的消毒，可用中性次氯酸鈣1000倍液浸泡或流動沖洗1-2 天。消毒用過的殘液可排到溫室地面或周圍土壤作為環境消毒。設施器具消毒后，要用清潔的水沖洗掉殘液，以防藥害。
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四是營養液的消毒。
營養液可采用物理、化學或殺菌劑處理等方法進行消毒殺菌。物理方法主要有過濾、紫外線滅菌、超聲波處理、巴氏德滅菌等；化學方法主要有臭氧處理、表面活性劑及農藥等。
五是操作人員的清潔衛生。
操作人員進出大棚或溫室時，要先在門口的消毒槽中浸有消毒液的泡沫墊上踩一踩。選用84消毒液或0.3%漂白粉，消毒液至少每周添加一次，同時還要告誡有關人員不能在水池中用營養液洗手等。